Para el mejor desarrollo de las actividades AIPRAL organiza su trabajo en los siguientes Departamentos:

    • Justicia y Comunión
    • Jóvenes
    • Teología y Misión
    • Mujeres

Los ejes programáticos que AIPRAL se ha fijado para el trabajo en el cuatrienio 2007–2010, son:

    1. la alianza por la justicia económica
    2. la búsqueda de la renovación espiritual y litúrgico-musical a la luz de la teología reformada
    3. la unidad en la misión y ecumenicidad

La organización de cursos de capacitación, encuentros de reflexión, consultas, intercambios y publicaciones demandan dedicación y esfuerzo de las y los responsables de cada Departamento, quienes realizan esta actividad en forma voluntaria.